在被藥品零售企業告上法庭后，國家食藥監總局終于作出讓步，表示將收回此前交由阿里健康運營的全國藥品電子監管網運營權。但這并非起訴方的最終目的，上訴企業及跟其站在同一陣線的連鎖藥店、藥企和醫藥批發商的終極目標是要廢除藥品電子監管碼。

1月27日上午，國家食藥監總局在北京召開藥品電子監管工作座談會，華潤雙鶴(16.260, 0.09, 0.56%)、華北制藥(6.720, 0.06, 0.90%)、國藥控股等藥企和一心堂(38.30, 0.35, 0.92%)、老百姓(43.600, 0.62, 1.44%)大藥房等連鎖藥店均有出席。參會企業一致認為藥品電子監管碼運營并不科學、監管作用有限，卻明顯加重了企業負擔，在人力、物力和時間上均造成了不必要的損耗。僅老百姓大藥房一家，每年就需額外投入8000萬元，超過2015年稅前利潤的1/3。

在這次會議上，國家食藥監總局副局長孫咸澤還解釋稱1月26日晚間，國家食藥監總局官網發布“關于收回7家藥企經營權”的通告與訴訟事件無關，在時間點上純屬巧合。此前，這一通告被外界視為國家食藥監總局的一次“回擊”。這份通告稱食品藥品監管總局組織對藥品經營企業飛行檢查中，發現陜西廣聯藥業有限公司等7家藥品經營企業存在購銷非法回收藥品或為購銷非法回收藥品企業違法提供發票等嚴重違法行為，并收回7家藥企經營權。通告里多次提到“電子監管流向數據顯示”。

會議最終，國家食藥監總局副局長孫咸澤表示將收回阿里健康對藥品電子監管系統的運營權，并認真采納與會企業意見，上報國務院。至于下一步采取何種措施，需要在收集各方意見后，再行決定。

界面新聞記者聯系了阿里健康，相關負責人表示阿里健康不對國家食藥監總局將收回此前交由阿里健康運營的全國藥品電子監管網運營權及上述起訴事件作任何回應。

把國家食藥監總局告上法庭的，是湖南養天和大藥房企業集團有限公司（下稱養天和）。2016年1月25日，養天和向北京市第一中級人民法院遞交了起訴狀，訴國家食藥監總局強制推行藥品電子監管碼屬于行政違法，應立即停止。

訴狀稱，國家食藥監總局在未向公眾公開標準和程序的情況下，將藥品電子監管網經營業務交由阿里健康獨家運營，不僅違反了《招標投標法》的規定還涉嫌行政壟斷。而允許阿里健康一方面經營網上售藥，一方面代表國家權力運營全行業數據（其還涉嫌銷售相關數據），屬于濫用行政權力，限制和排除競爭，是對所有藥品生產、流通企業的極大不公平。而且藥品電子監管碼屬于重復建設，將大幅增加社會成本，增加患者負擔。

藥品電子監管碼是運用信息技術、網絡技術和編碼技術，在藥品最小包裝上賦上一個電子監管碼，通過它給藥品一個合格的身份證。實施電子監管以后，企業通過電子監管系統上傳信息，使得賦碼藥品不管走到哪里都能被實時監控。

然而，自2010年6月，《關于做好基本藥物全品種電子監管工作的通知》規定凡生產基本藥物品種的中標企業，要在2011年3月31日前加入藥品電子監管網，按規定做好賦碼、核注核銷和企業自身預警處理的準備工作開始，藥品企業對使用電子監管碼的爭議就從未停止。

“業內意見比較集中，首先是成本問題，包裝生產線的改造、藥店人工掃碼都是成本，規模越大成本越高；其次是對阿里健康作為競爭對手參與監管的不滿。這次起訴的最終目的不是要阿里退出監管，而是希望取消電子監管碼。”有連鎖藥房負責人告訴界面新聞。

2015年底，國家食藥監總局要求，2015年12月31日前，境內藥品制劑生產企業、進口藥品制藥廠商須全部納入中國藥品電子監管網，并完成生產線改造，在藥品各級銷售包裝上加印（貼）統一標識的中國藥品電子監管碼，并進行數據采集上傳，通過中國藥品電子監管平臺核注核銷。自2016年1月1日起，凡是未通過新修訂藥品GSP認證的藥品經營企業，一律停止藥品經營活動。

至此，產業鏈上的相關企業終于坐不住了，引發了上述藥品零售企業與國家食藥監總局之間的“民告官”案件。

截至目前，國家食藥監總局還未對此事公開回應，但就目前形勢來看，不管電子監管碼是否取消，這場連鎖藥企與國家食藥監總局的對峙首先已打亂了此前即得利益者阿里健康的布局。

阿里巴巴集團在2014年初以13億元收購中信21世紀，隨后更名阿里健康，并由此獲得了國內首張“互聯網第三方平臺網上零售試點資格證書”，這讓阿里健康有權直接向個人銷售藥品。也使得阿里健康與養天和等藥品零售企業成為了競爭的對手。而中信21世紀不僅擁有首張證書，早在2005年就被選中與原國家食品藥品監督管理局配合，建設中國藥品電子監管平臺，被阿里巴巴收購后，目前的基本藥物電子監管碼體系順勢由馬云旗下阿里健康籌建。

阿里集團方面也曾公開表示，中信21世紀有吸引力的主要是公司的條形碼藥品跟蹤系統，也即“藥品監管碼”。在入主中信21世紀后，阿里集團就啟動過一次“藥品安全計劃”，用戶可以通過手機淘寶和支付寶錢包客戶端，掃描全國市面上任意一盒藥品包裝上的條形碼和藥品監管碼，從而獲得該藥品的真偽提示、用法、禁忌、生產批次及流通過程等信息，其數據的來源就是中信21世紀。

電子監管碼藥品電子監管系統記錄藥品通用名、劑型、制劑規格、包裝規格、生產企業、生產日期、產品批號、有效期至、批準文號批準文號、數量、價格、流向等信息。養天和認為，通過運營藥品電子監管網，阿里健康能掌握和運用競爭對手的詳細銷售數據，嚴重違背了公平競爭原則。

事實上，國家不僅出臺過藥品電子監管碼政策，也要求食品等9大類69種產品必須在包裝上使用監管碼后，方能生產和銷售。作為整個電子監管網系統的合作方，中信21世紀曾在2008年發布的年報中表示，“電子監管網公共物流信息平臺，將創造每年2000億元的價值空間”。2015年7月，阿里健康發布的全年業績顯示收入達3720萬港元（約合3140.42萬元人民幣），增幅35.3%，其中主營的電子監管網業務收入為3718萬港元（約合3138.74萬元人民幣），同比增長49.2%。盈利能力提升主要由于運營中國藥品電子監管網的收入增加。

不過，2011年，十一屆全國人大常委會第四次會議審議的食品安全法草案就廢除了國家對食品、食品添加劑和食品相關產品實行監管碼制度的規定。有業內人士稱，藥品電子監管碼還在繼續推行，除了國家食藥監局的態度強硬，也因為沒有藥品領域的企業聯合起來起訴。